قال الأنبا رفائيل، أسقف كنائس وسط البلد، إن في السنوات الأخيرة من حياة الراحل البابا شنودة الثالث هناك كثير من الرهبان سلكوا على نهج الراهب المجرد يعقوب المقاري خاصة خلال الـ5 أعوام الأخيرة قبل رحيله أي فترة مرضه، وذلك من خلال سعيهم لتأسيس أديرة منفصلة عن الأديرة التي ترهبنوا بها.
وأشار الأنبا رافائيل في تصريحات له إلى أنه عقب تولى البابا تواضروس الثاني رعاية الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، كان على رأس أولويات البابا تقنين أوضاع هذه الأديرة الغير تابعة للكنيسة.
وأكد أن جميع الأديرة التي بنيت في السنوات الأخيرة من عهد البابا شنودة الثالث وغير مقننة بدون تبعية للكنيسة تم تقنين أوضاعها وتنصيب أحد الأساقفة للإشراف عليها إلا أن الدير الوحيد الذي لم يستجيب لنداءات الكنيسة لمدة 5 سنوات منذ رعاية البابا تواضروس للكنيسة هو دير الأنبا كاراس بوادي النطرون.
وأوضح أن جميع الأديرة الجديدة التي تسلمتها الكنيسة وكانت غير مقننة لم نغير في شأنها الكثير سوى أن يكون لها مشرف روحي من الأساقفة بجانب الحفاظ على مجهود الراهب الذي أسسه من خلال تمسكنا بوجوده بالدير الذي ساهم في تأسيسه وهذا ما كنا نريد فعله مع الراهب يعقوب المقاري، والذي رفض محاولات التصالح مع الكنيسة الكثيرة، حتى طالبت البابا بتجريده منذ فترة طويلة إلا أنه كان يؤجل في محاولة لإتاحة الفرصة للراهب للتراجع عن فكره وتسليم الدير للكنيسة حتى فشلت جميع المحاولات التي أنتهت بتجريده وعده الاعتراف بديره ومنع الرحلات والزيارات لدير الأنبا كاراس بوادي النطرون.