مراحل عديدة مر بها الكرسى البطريركى للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، فكانت الإسكندرية هى المقر الأساسى لكرسى مار مرقس الرسول.
فى التقليد المسيحى المكان الذى أستشهد فيه رسول أو تلميذ المسيح، هو مقر الكرسي، والكنيسة القبطية هى الكنيسة التى أسسها مرقس الرسول، الذى أستشهد فى الإسكندرية، وتعتبر الإسكندرية عاصمة الكرازة المرقسية عامة، ومقرًا للرئاسة الدينية.
وظلت الإسكندرية من القرن الأول الميلادى حتى القرن الحادى عشر الميلادي، هى مكان ومقر الكرسى الرسولى، نظرًا لوجود رفات القديس مار مرقس الرسول بها.
وفى القرن الحادى عشر، وفى عهد البابا خريستو ذولوس البطريرك الـ66 1040 - 1077م، نقل مقر الكرسى إلى الكنيسة المعلقة بمصر القديمة.
ثم نُقل إلى كنيسة السيدة العذراء بحارة زويلة منذ القرن الرابع عشر، ثم نُقل الكرسى إلى كنيسة السيدة العذراء، حارة الروم فى الفترة من 1660 حتى 1800، وفى عام 1799 نقل إلى الأزبكية بالكنيسة المرقسية وظل فيها حتى سنة 1964.
وقد أصبحت كاتدرائية القديس مرقس القبطية الأرثوذكسية بالأزبكية المقر الباباوى فى القاهرة فى عهد البابا مرقس الثامن البطريرك الـ 108، وأكمل بناءها البابا كيرلس الخامس، وقام البابا كيرلس السادس بترميمها، وكان قد مر على بنائها مائة عام وزينت بالرسومات الجميلة. وفى عهد البابا كيرلس السادس البطريرك الـ116 على سدة مار مرقس تم بناء الكاتدرائية الحالية كاتدرائية القديس مرقس القبطية الأرثوذكسية، والموجودة بمنطقة دير الأنبا رويس بالعباسية، وقد تم افتتاح الكاتدرائية بحضور البابا كيرلس السادس، والرئيس الراحل جمال عبدالناصر، وكذلك الإمبراطور هيلاسيلاسي، إمبراطور إثيوبيا فى ذلك الوقت.
تم وضع حجر الأساس للكاتدرائية المرقسية فى 24 يوليو 1965، بحضور الرئيس الراحل جمال عبدالناصر، فى صباح الأربعاء 26 يونيو 1968 احتفل بإقامة الصلاة على مذبح الكاتدرائية، وفى نهاية القداس حمل البابا كيرلس السادس رفات القديس مار مرقس إلى حيث أودع فى مزاره الحالى تحت الهيكل الكبير فى شرقية الكاتدرائية.
فى مايو 1977 تم الاحتفال بحضور رفات القديس أثناسيوس الرسولى، وافتتاح قاعة القديس أثناسيوس الكبرى، تحت الكاتدرائية تذكارًا بمرور 1600 سنة على نياحة القديس.
ومثلما توجهت أنظار العالم إلى ميلاد المسيح فى العاصمة الإدارية بداية العام الجارى، سجل التاريخ قبلها الاحتفال بافتتاح الكاتدرائية المرقسية بالعباسية.